D1039次动车从清河站到运城北站总共有15站，16:06发车，22:56到达，全程耗时约6小时50分钟。
D1039次动车时刻表经过的站点有清河站、八达岭长城站、怀来站、宣化北站、张家口站、天镇站、阳高南站、大同南站、怀仁东站、应县西站、忻州西站、太原南站、平遥古城站、临汾西站、运城北站，如果您需要购买D1039次动车该车次车票，您可以访问12306或到指定票务窗口直接订票。
D1039次动车途经站点及时刻表
始发站：清河，发车时间：16:06，终点站：运城北，到达时间：22:56，总耗时：6小时50分钟。。
| 站名 | 进站时间 | 发车时间 | 停留时间 |
|---|---|---|---|
| 清河 | ---- | 16:06 | ---- |
| 八达岭长城 | 16:28 | 16:36 | 8 分钟 |
| 怀来 | 16:51 | 16:53 | 2 分钟 |
| 宣化北 | 17:11 | 17:13 | 2 分钟 |
| 张家口 | 17:23 | 17:25 | 2 分钟 |
| 天镇 | 17:58 | 18:01 | 3 分钟 |
| 阳高南 | 18:14 | 18:17 | 3 分钟 |
| 大同南 | 18:37 | 18:45 | 8 分钟 |
| 怀仁东 | 19:01 | 19:10 | 9 分钟 |
| 应县西 | 19:22 | 19:24 | 2 分钟 |
| 忻州西 | 20:10 | 20:12 | 2 分钟 |
| 太原南 | 20:49 | 20:59 | 10 分钟 |
| 平遥古城 | 21:30 | 21:32 | 2 分钟 |
| 临汾西 | 22:16 | 22:19 | 3 分钟 |
| 运城北 | 22:56 | 22:56 | ---- |