G539次高铁列车从长沙南站到北海站总共有12站，06:52发车，13:56到达，全程耗时约7小时04分钟。
G539次高铁列车时刻表经过的站点有长沙南站、衡阳东站、祁阳站、永州站、东安东站、桂林北站、柳州站、来宾北站、宾阳站、南宁东站、钦州东站、北海站，如果您需要购买G539次高铁列车该车次车票，您可以访问12306或到指定票务窗口直接订票。
G539次高铁列车途经站点及时刻表
始发站：长沙南，发车时间：06:52，终点站：北海，到达时间：13:56，总耗时：7小时04分钟。。
| 站名 | 进站时间 | 发车时间 | 停留时间 |
|---|---|---|---|
| 长沙南 | 06:52 | 06:52 | ---- |
| 衡阳东 | 07:29 | 07:31 | 2 分钟 |
| 祁阳 | 08:10 | 08:12 | 2 分钟 |
| 永州 | 08:28 | 08:35 | 7 分钟 |
| 东安东 | 08:51 | 08:53 | 2 分钟 |
| 桂林北 | 09:54 | 09:57 | 3 分钟 |
| 柳州 | 11:04 | 11:10 | 6 分钟 |
| 来宾北 | 11:35 | 11:37 | 2 分钟 |
| 宾阳 | 11:57 | 11:59 | 2 分钟 |
| 南宁东 | 12:25 | 12:50 | 25 分钟 |
| 钦州东 | 13:24 | 13:26 | 2 分钟 |
| 北海 | 13:56 | 13:56 | ---- |