1、项目单位在申请办理进出口货物减免税审批手续之前，应当向主管海关申请进行减免税备案。海关对申请享受减免税优惠政策的项目单位进行资格确认，对项目是否符合减免税政策要求进行审核，确定项目的减免税额度等事项。
2、项目单位申请办理减免税备案手续时，应当填写《减免税备案申请表》，并向海关提交齐全有效的备案单证。
3、海关对项目申请单位的主体资格和项目的资格进行形式审核。海关收到项目单位的减免税备案申请后进行审核。海关重点审核申请备案提交的单证是否齐全、有效，申请填报规范的，受理申请并自受理之日起5个工作日内作出批准或者不予批准的审批决定。申请材料不全或者不符合规定形式的，海关应当在收到申请材料之日起5个工作日内一次告之项目单位需要补正的全部内容 。
4、项目单位因故需变更备案内容的，应向主管海关递交书面申请说明原因，并提交按规定需项目审批部门出具的意见，经海关审核后予以办理变更手续。
项目单位因故需撤销或停止执行的减免税项目，应向主管海关递交书面申请说明原因，并提交按规定需项目审批部门出具的意见，经海关审核后予以办理作废手续。