1、与境外之间
海关对园区和境外之间进出货物，实行“备案制管理”，填写“进、出境货物备案清单。”
除法律另有规定以外，不实行进出口配额、许可证件管理。
既具备保税区的功能，又具备出口加工区的功能。既可以从事保税物流，又可以从事保税加工，还可以从事国际贸易，是海关综合保税监管的特殊区域。
2、与境内区外其他地区之间
(1)珠海园区货物运往区外，视同进口。
由区内企业填制“出境货物备案清单”，区外收货人填制“进口货物报关单”向珠海园区主管海关办理申报手续。
(2)进区，货物从境内区外进入珠海园区视同出口。