1、保税物流园区与境外之间进出货物报关
海关对园区和境外之间进出货物，实行“备案制管理”，适用进出境备案清单。
(1)境外进入园区：不实行许可证件管理
(2)园区运往境外：从园区运往境外的货物，免征出口关税，不实行许可证件管理。
2、保税物流园区与境内区外之间进出货物报关
(1)园区货物运往区外，视同进口。
※供区内行政管理机构及其经营主体和区内企业使用的机器、设备和办公用品等需要运往区外进行检测、维修的，应当向园区主管海关提出申请，经主管海关核准、登记后可以运往区外。并自运出之日起60天内运进区内。特殊情况不能如期运回，应当于期满前10日内向主管海关申请延期，延长期限不得超过30天。
(2)区外货物运入园区，视同出口。
※除已经流通性简单加工的货物外，区外进入园区的货物，因质量、规格型号和合同不符等原因，应当在货物申报进入园区之日起1年内向园区主管海关申请办理退换手续。
(3)保税物流园与其他特殊监管区域、保税监管场所之间往来货物。