已经海关登记备案的加工贸易合同，其品名、规格、金额、数量、加：工期限、单耗、商品编码等发生变化的，须向主管海关办理合同备案变更手续，开设台账的合同还须变更台账。
合同变更应在合同有效期内报原商务审批部门批准。为简化合同变更手续，对贸易性质不变、商品品种不变，合同变更的金额小于l万美元(含1万美元)和合同延长不超过3个月的合同，企业可直接到海关和银行办理变更手续，不需再经商务主管部门重新审批。
1万美元及以下的备案合同，变更后进口金额超过1万美元的，适用AA类、A类、B类管理的企业，需重新开设台账的，应重新开设台账；东部地区适用B类管理的企业的合同金额变更后，进口料件如果涉及限制类商品的，由银行按海关计算的金额加收相应的保证金。
因企业管理类别调整，合同从“空转”转为“实转”的，应对原备案合同交付台账保证金。经海关批准，可只对原合同未履行出口部分收取台账保证金。
管理类别调整为D类的企业，经海关批准，对已备案合同允许交付全额台账保证金后继续执行，但合同不得再变更和延期。
对允许类商品转为限制类商品的，已备案合同不再交付台账保证金。对原限制类或允许类商品转为禁止类的，对已备案合同按国家即时发布的规定办理。