1、进仓报关
(1)出口货物存入出口监管仓库，发货人或其代理人填制“出口货物报关单”。按国家规定应当提交出口许可证件和缴纳出口关税的，发货人或其代理人必须提交许可证件和缴纳出口关税。
(2)发货人或其代理人按照海关规定提交报关必需单证和仓库经营企业填制的“出口监管仓库货物入仓清单”
(3)对经批准享受入仓即可退税政策的出口监管仓库，海关签发“出口货物报关单”退税证明联。对不享受入仓即退税政策的出口监管仓库，海关在货物实际离境后签发出口货物报关单退税证明联。
2、出仓报关
出口监管仓库货物出仓可能出现出口报关和进口报关两种情况。
(1)出口报关
提交报关必需单证和仓库经营企业填制的“出口监管仓库货物出仓清单”
(2)进口报关
出口监管仓库货物转进口的，应当经海关批准，按进口货物的有关规定办理相关手续。
①用于加工贸易的，由加工贸易企业按保税加工货物的报关程序办理进口报关手续。
②作为特定免税货物的：按特定减免税的报关程序办理进口报关手续。
③进入国内市场的货物：按一般进口货物的报关程序办理进口报关手续。
3、结转报关
4、更换报关
对于已经存入出口监管仓库，因质量原因要求更换的。要掌握：被更换货物出仓之前，更换货物应当先行入仓。应当与原货物：商品编码、品名、规格型号、数量、价值相同。