为了规范进出口货物减免税管理，保障进出口货物减免税申请人(以下简称减免税申请人)的合法权益，海关总署根据有关法律和行政法规的规定，制定了减免税管理办法。
(一)减免税申办手续
减免税申请人除特殊情况外应当向其所在地主管海关(以下简称主管海关)申请办理减免税备案、减免税审批、减免税税款担保和后续管理业务等相关手续，向进口口岸海关(以下简称口岸海关)办理减免税货物进出口通关手续。
减免税申请人可以自行也可以委托他人向海关申请办理上述手续。委托他人办理的，应当由被委托人持减免税申请人出具的“减免税手续办理委托书”及其他相关材料向海关申请，海关审核同意后可准予被委托人办理相关手续。
投资项目所在地海关与减免税申请人所在地海关不是同一海关的，减免税申请人应当向投资项目所在地海关申请办理减免税备案、审批手续。
投资项目所在地涉及多个海关的，减免税申请人可以向其所在地海关或者有关海关的共同上级海关申请办理减免税备案、审批手续。有关海关的共同上级海关可以指定相关海关办理减免税备案、审批手续。
投资项目由投资项目单位所属非法人分支机构具体实施的，在获得投资项目单位的授权并经投资项目所在地海关审核同意后，该非法人分支机构可以向投资项目所在地海关申请办理减免税备案、审批手续。
减免税货物申办的流程是：办理减免税备案手续一办理减免税审批手续一实际进出口减免税货物。
1．减免税备案手续
减免税申请人按照有关进出口税收优惠政策的规定申请减免税进出口货物前，应持下列单证向主管海关申请办理减免税备案手续：
(1)进出口货物减免税备案申请表；
(2)企业营业执照或者事业单位法人证书、国家机关设立文件、社团登记证书、民办非企业单位登记证书、基金会登记证书等证明材料；
(3)相关政策规定的享受进出口税收优惠政策资格的证明材料；
(4)海关认为需要提供的其他材料。
上述单证应当交验原件，同时提交加盖减免税申请人有效印章的复印件。
2．减免税审批手续
减免税申请人应当在货物申报进出口前，持下列单证向主管海关申请办理进出口货物减免税审批手续：
(1)进出口货物征免税申请表；
(2)企业营业执照或者事业单位法人证书、国家机关设立文件、社团登记证书、民办非企业单位登记证书、基金会登记证书等证明材料；
(3)进出口合同、发票，以及相关货物的产品情况资料；
(4)相关政策规定的享受进出口税收优惠政策资格的证明材料；
(5)海关认为需要提供的其他材料。
止述单证应当交验原件，同时提交加盖减免税申请人有效印章的复印件。
海关审核同意后向减免税申请人签发“中华人民共和国海关进出口货物征免税证明”(以下简称征免税证明)。
除国家政策调整等原因并经海关总署批准外，货物征税放行后，减免税申请人申请补办减免税审批手续的，海关不予受理。
3．实际进出口货物
减免税申请人持海关签发的征免税证明，并在有效期内向口岸海关办理进出口货物通关手续。若不能在有效期内办理，需要延期的，应当在征免税证明有效期内向主管海关提出延期申请。经主管海关审核同意，准予办理延长征免税证明有效期手续。
4．税款担保
若出现以下情形的减免税申请人可以在货物申报进出口前持有关单证向主管海关申请凭税款担保先予办理货物放行手续：
(1)主管海关按照规定已经受理减免税备案或者审批申请，尚未办理完毕的；
(2)有关进出口税收优惠政策已经国务院批准，具体实施措施尚未明确，海关总署已确认减免税申请人属于享受该政策范围的；
(3)其他经海关总署核准的情况。
减免税申请人持准予担保的证明向口岸海关办理减免税货物税款担保手续。