(1)遗失手册的合同报核
企业遗失加工贸易手册应当及时向主管海关报告。主管海关及时移交缉私部门按规定进行处理。缉私部门处理后，企业应当持以下单证向主管海关报核：
①经营企业关于加工贸易手册遗失的书面报告；
②经营企业申请核销的书面材料；
③加工贸易货物进出口报关单；
④缉私部门出具的“行政处罚决定书”；
⑤海关按规定需要收取的其他单证和材料。
(2)遗失进出口货物报关单的合同报核
按规定企业应当用报关单留存联报核，在遗失报关单的情况下，可以凭报关单复印件向原报关地海关申请加盖海关印章后报核。
(3)无须申领手册的5000美元及以下的78种列名服装辅料的合同报核企业直接持进出口货物报关单、合同、核销核算表报核。报核的出口货物报关单应当是注明备案编号的一般贸易出口货物报关单。
(4)撤销合同报核
加工贸易合同备案后因故提前终止执行，未发生进出口而申请撤销的，应报商务主管部门审批，企业凭审批件和手册报核。
(5)有走私违规行为的加工贸易合同报核
加工贸易企业因走私行为被海关缉私部门或者法院没收保税加工货物的，凭相关证明材料，如“行政处罚决定书”、“行政复议决定书”、“判决书”、“裁决书”等向海关报核。
加工贸易企业因违规等行为被海关缉私部门或法院处以警告、罚款等处罚但不没收保税加工货物的，不予免除加工贸易企业办理相关海关手续的义务。